生物肥料不能直接提供作物吸收的营养物质(包括氮、磷、钾和多种矿质元素)，而是通过大量活的微生物在土壤中的积极活动来制造和协助作物吸收营养物质或产生生长素来刺激作物的生长，这与化肥作用方式在本质上是不同的。并且生物肥所能提供的肥效不能满足作物生长对营养物质的需求。因此，那种认为生物肥料可以替代化肥的看法是一种误解，有的把生物肥料神秘化，冠以“高新技术”产品，无限夸大其作用也是错误的，在农业生产中生物肥料的使用与化肥的使用应当相辅相成。
一是选用生产肥料的原材料价格过高，销售的中间环节过多，层层加价；二是单一施用生物有机复合肥，忽视了其它肥料的作用，或是施用量过低；三是施肥时土壤墒情不足，或者是当时气温太低；四是一次施用量过大。对此，为了充分发挥生物有机复合肥料的肥效，应该采用增产节支、正确引导、科学使用的方法加速推广运用。首先，要降低生产成本。一是就地采用有机原料，不要远距离调运，增加成本；二是减少销售中间环节，生产与销售近距离对接；三是搞好售后服务，组织科技下乡，使肥料快速发挥肥效。
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